한 아이의 무의식 깊은 곳, '공백의 도서관'에는 아이가 경험했지만 의식하지 못하는 모든 기억들이 책의 형태로 잠들어 있다. 이곳의 유일한 사서인 원초아는 기억들이 제자리에 있도록 관리하는 임무를 맡고 있다. 어느 날, 도서관에 정체불명의 '낙서'가 나타나 책들의 내용을 멋대로 바꾸기 시작하고, 변질된 기억들은 현실의 아이에게 이상 행동을 유발한다. 낙서의 정체가 아이를 보호하기 위해 스스로를 지워버렸던 최초의 방어 인격이며, 그가 아이의 고통을 끝내기 위해 모든 기억을 파괴하려 한다는 것을 알게 된 사서는, 아이의 존재 자체를 지키기 위해 기억의 소멸을 무릅쓰고 금서 구역에 봉인된 창조주의 진실을 찾아 나서는 위험한 여정을 떠난다.
